バージョンアップお疲れ様でした。
FC2ブログに対してのトラックバックが正常に行えていることを確認しましたのでご報告させていただきます。
ありがとうございました！

検証おつかれさまです＆助かりました。
またなにかあれば教えてください。

いつもお世話になっております。

私も「NP_TrackBack v2.0.3jp09」を使っていて
「michito」さんと同じ問題となり、同じ結論に達していました。

先日「NP_TrackBack v2.0.3jp10」のリリースを知り、早速試したところ
再度リンクチェックNGとなりましたのでコメントしてみます。

もしかすると、私の環境設定不良も考えられるのですが
その際はご容赦ください。
１．私の環境
　私は一つのNucleusで、複数Blogを作成しています。
　その環境で、NP_TrackBack v2.0.3jp10を使ってみました。

２．トラックバックテスト結果
　「Trackback: LinkCheck NG.」となりました。

３．チェック内容調査
　①デバックコード
1170行の後（「if(preg_match($itemLinkPat, $l)){***}」の処理後）に
ACTIONLOG :: add(INFO, "AAAAAAAAA: $l )");
ACTIONLOG :: add(INFO, "BBBBBBBBB: $itemLinkPat )");
　　を仕込んでログ管理ログを確認
　②結果
2007-07-14 04:23:27 AAAAAAAAA: http://***.***.***/~***/***/***.php?itemid=86 )
2007-07-14 04:23:27 BBBBBBBBB: {^http\://****\.****\.***/~***/***/***\.php/index\.php\?itemid\=86}i )
　　※なぜか、$itemLinkPatの文字列にindex.phpが入っている？

４．原因と思われる部分？
　　８１行目あたりの「 function _createItemLink(」の部分かな？

５．その他
　　「NP_TrackBack v2.0.3jp09」を使って「michito」さんの対応ではリンクチェックOKでした。

PS
現在Nucleusを使ってサイトリニューアルを考えていますが、「NP_cles()」さんたちのおかげで
大変助かっております。
これからもよろしくお願いします。

確かに_createItemLink()の問題だと思います。
少し改良を加えてみましたので、10.4で上書きしてもう一度試してもらえますか？

うっかりミスだと思いますが、734行目

return \'http://blog.cles.jp/item/' . intval($itemid) . '.trackback';

を

return createItemLink(intval($itemid),'') . '.trackback';

にした方が良いかと思われます。

ありがとうございます。助かりました。
ファイルは差し替えておきました。

上記の改修後だと思うのですが、
URLモードがNormalのときに
<%TrackBack(tburl)%>
で出力されるトラックバックURLが
相対URLになっているようです。
この仕様で問題がないようでしたらよいのですが
念のためご報告差し上げます。

ありがとうございます。

return createItemLink(intval($itemid),'') . '.trackback';

の部分は、本当は

return $CONF['ActionURL'] . '?action=plugin&amp;name=TrackBack&amp;tb_id='.$itemid;

でした。修正版を用意します。

ありがとうございます。
修正版で差し替えましたところ
トラックバックURLが問題なく出力されているのを確認しました。

「ダウンロードはこちら」をクリックすると、下記のエラーでダウンロードできません。現在は配布停止中なのでしょうか？

Forbidden
You don't have permission to access /action.php on this server.

配布はしているのですが、spam対策のため一部環境からはダウンロードできない場合があります。
ファイルはフォーラムからもダウンロードできますので、こちらを利用してください。
http://japan.nucleuscms.org...

早速のご返信、ありがとうございます。

私の環境からでは、NP_cles()からの外部リンクはすべて上記のエラーになってしまうようで、コメントに記入いただいたリンクからも飛べませんでした。

しかし、フォーラムを検索したところ、無事発見しダウンロードできました。ありがとうございました。